收藏文章 楼主
Nature子刊教你怎样挖掘单细胞生信分析结果
版块:生活服务   类型:普通   作者:ggtdfgfdg   查看:779   回复:0   获赞:0   时间:2022-03-18 21:53:42

基于42例晚期非小细胞肺癌患者(肺腺癌和鳞癌)的组织活检标本的单细胞RNA测序数据,生信分析研究不同患者的肿瘤在细胞组成、染色体结构、发育轨迹、细胞间信号网络等内容,进而揭示肿瘤微环境及肿瘤异质性,以确定生物标记物和治疗靶标,用于改善临床诊断和预后。

  研究结果

  ( 1 )晚期非小细胞肺癌细胞图谱的建立

  作者对42例晚期非小细胞肺癌患者(NSCLC)的活检样本进行了scRNA-seq分析,经过数据质控与筛选,共分析了90,406个细胞的转录本。根据特征性细胞marker基因,共鉴定到11种主要细胞类型,分别为癌细胞、正常上皮细胞、免疫细胞(T细胞、B淋巴细胞、髓系细胞、中性粒细胞、肥大细胞和滤泡树突状细胞)和基质细胞(成纤维细胞和内皮细胞)。进一步细胞占比分析表明癌细胞、免疫细胞和基质细胞在不同样本中占比差异很大。

  ( 2 )肺鳞癌的瘤间和瘤内异质性高于肺腺癌

  基于NSCLC分类标记基因的单细胞表达水平,即肺腺癌(LUAD)的NAPSA,TTF-1(NKX2-1)和肺鳞癌(LUSC)的TP63,CK5(Krt5),计算每个患者的LUAD和LUSC评分,对患者进行肿瘤亚型分类。接下来,作者通过InferCNV来推断癌细胞的拷贝数改变(CNA)。CNA图谱既显示了患者间的异质性,也显示了患者内部的异质性。之后,作者基于CNA和癌细胞基因表达获得瘤内异质性评分(ITHCNA和ITHGEX),用以量化肿瘤内的异质性。相关性分析发现ITHCNA和ITHGEX显示出中等程度的相关性。最后,根据肿瘤类型和驱动突变情况,作者进一步将患者分为三组:LUADm,LUADn,LUSCn。值得关注的是,LUSCn患者的ITHCNA显著高于LUADm患者,而ITHGEX无统计学意义。这一发现表明,带有驱动突变的患者可能受到基因组改变以外的表型影响。

 我 在下方展示

 
回复列表
默认   热门   正序   倒序

回复:Nature子刊教你怎样挖掘单细胞生信分析结果

暂无用户组
退出
等级:0级
学途币:
游客:

平台声明:

为打造一个高质量、高收录的外链平台,站长将针对所有普通用户投稿的内容进行审核,针对文章原创度、文章格式是否杂乱、外链数量是否泛滥等多个方面对投稿内容进行审核测评,只有满足条件的内容才会通过审核。

平台将持续严厉打击发布虚假不实信息内容,一经发现立即删除,且将对发布虚假内容的账号进行相应的处罚。

当用户等级达到2级及以上等级之后,可联系站长【QQ:724413399】免费升级至VIP会员组,将免费获得发贴免审核权限,以后发的帖子都将跳过审核直接发布成功!

Powered by HadSky 7.7.16

©2015 - 2024 seo学途论坛网

XML( 1234567891011 )

您的IP:3.238.6.55,2024-03-29 14:22:16,Processed in 0.10441 second(s).

网站备案号:黔ICP备19009860号-2

seo学途论坛网是一个可以免费发外链的论坛,大家可以免费发布含有纯文本外链、锚文本外链的精美软文内容,也可以在论坛中与大家进行交流、讨论更多话题。
头像

用户名:

粉丝数:

签名:

资料 关注 好友 消息
免责声明

1、本站资源,均来自网络,版权归原作者,所有资源和文章仅限用于学习和参考 。

2、不得用于商业或非法用途,否则,一切责任由该用户承担 !

3、本站内容如不慎侵犯了你的权益,敬请谅解,内容素材由网友自发上传并非本站意愿,您可参照文章侵权处理流程联系我方解决!


侵权删除请致信 E-Mail:724413399@qq.com