全基因组关联分析(genome wide association study, GWAS) 是利用全基因组范围内筛选出的高密度分子标记对所研究的群体进行扫描, 使用扫描得到的分子标记数据与表型性状之间进行关联分析的方法。

　　GWAS的出现为全面、系统地研究基因组学掀开了新的一页, 在医学中已经利用该方法鉴定出大量与人类复杂疾病或数量性状相关的遗传变异, 成为研究人类基因组学的关键手段。而在植物基因组中GWAS也取得了良好的应用效果, 应用GWAS发掘植物复杂数量性状基因、为植物分子育种提供依据已成为植物基因组学研究的热点。

　　GWAS定位优势

　　在动植物研究中，GWAS相对于传统的利用遗传图谱做QTL定位有很多优势：

　　节约时间：无需构建遗传群体，GWAS自然群体或者种质资源可以直接用于关联分析;

　　定位精确：人工群体由于群体大小限制，重组不充分，定位区间往往很大，而GWAS使用的自然群体大都经过长时间、多世代的繁衍，基因组重组充分，关联定位准确;

　　GWAS中表型性状变异丰富，只要群体足够大，几乎可以涵盖所有的表型性状，因此GWAS可以关联任何性状。而人工群体由于群体遗传背景单一，如果父母本中某些表型不存在就无法定位该性状。