今天,我们来讲生信课题设计中最经典的一个套路:单基因生信研究套路。
我们常常讲“生信研究套路”,“挑圈联靠”四步法设计生信研究套路,解螺旋的学员一般都对生信研究套路有个基本的概念。
但是每次聊到我这个方案的这步分析做的合不合适,生信分析能不能这样做,往往拿不准。
最近我发现一个现象,随着我们解螺旋——挑圈联靠公号中复现文章的增多,很多学员复现步骤不成问题,反而对这样做分析能得出什么结论很有问题。
这就是大家对生信中“挑圈联靠”的内涵和外延思考的不够多,导致只能照猫画虎,很难再创新。
为什么讲生信研究课题设计的时候,我一般会优先介绍单基因生信研究套路呢?因为这是生信研究中最经典的套路,把这个一个套路讲透,可以触类旁通到其他生信研究套路
单基因生信研究套路有四个特点:
1、满足生信发文章的最简配置
最简可行化框架(Minimum Viable Product,MVP–最简化可实行产品)。
2、可迁移性极高
换个疾病或者换个基因,可以批量发SCI。
3、上手快
零基础零代码可以迅速学会文章复现。
4、兼容性强
上下通吃,单基因生信套路既有发到10多分生信SCI的潜力,也能有批量发低分SCI的适用性。
单基因的美妙,是大师兄Ewen在大四就领悟到的。
当初生信刚火起来,解螺旋也上架了生信的课程,先锋班有人带了个节奏,于是大家兴起了三四人生信小组组队的热潮,有人负责分析,有人负责写作,有人负责课题设计,有人负责出经费,大家合作发文章(当然有些职能可以兼容)。
当时很多小队都是基于基因表达矩阵整体分析策略进行分析;
大师兄也有发文章考研的需求,但是他独辟蹊径,避开了这种一个疾病只能做一个套路的方法,而是花了几天筛选TCGA常见癌种做表达矩阵和临床信息的清洗;
然后写了个循环和爬虫,从预后/表达/文献创新性三个角度批量筛选,一下筛选到几十个基因。然后开始混进不同的小队或者找舍友搭伙,一起合作文章。
最终他在这次合作的热潮中,用性价比最高的方式,在不影响考研的情况下,收获了五六篇生信文章,加上他之前有一篇十几分的三作文章的加持,最终考上了上海某厉害学校厉害老板的研究生。
这个事讲完了,大家有什么启发呢?有人可能问,先锋班还有这种机会吗?我没赶上这波机遇啊?也有人说,现在生信门槛越来越高了,没这么好发生信文章了,有什么好说的。
高手看门道,低手看热闹。大家在生信学习开始,不要过分注重术的实现,术有很多种,学不过来;先掌握好道的底层规律,才会让你在千变万化中抓住不变的核心规律,成为你在科研上持续产出的动力和源泉。
历史总是惊人的相似。无论是生信,还是在基础科研。之前谈帅在基础科研上也有类似的经历。
谈帅在上海某三甲医院做博后的时候,也同时兼任了科研上小老板的角色。
临床医生都非常忙,没有这么多时间做科研,同时还要保证每年都有科研成果的产出。
怎么办呢?
谈帅先是筛选到了几十个中药有效成分,科室里每个有科研任务的医生和医学生每人分几个,选用成熟的细胞系,摸好实验条件;大家做好排班,批量加药,每人定时,一加药就把几十种药一块加了。等到实验做完,大家在模块化写文章。这样一年下来科室里十几篇文章的产出。
羡慕吗?这种机遇过去了吗?
为打造一个高质量、高收录的外链平台,站长将针对所有普通用户投稿的内容进行审核,针对文章原创度、文章格式是否杂乱、外链数量是否泛滥等多个方面对投稿内容进行审核测评,只有满足条件的内容才会通过审核。
平台将持续严厉打击发布虚假不实信息内容,一经发现立即删除,且将对发布虚假内容的账号进行相应的处罚。
当用户等级达到2级及以上等级之后,可联系站长【QQ:724413399】免费升级至VIP会员组,将免费获得发贴免审核权限,以后发的帖子都将跳过审核直接发布成功!
双击表格可删除表格
1、本站资源,均来自网络,版权归原作者,所有资源和文章仅限用于学习和参考 。
2、不得用于商业或非法用途,否则,一切责任由该用户承担 !
3、本站内容如不慎侵犯了你的权益,敬请谅解,内容素材由网友自发上传并非本站意愿,您可参照《文章侵权处理流程》联系我方解决!