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生物药cdmoPCR反应前准备及操作步骤
版块:产品百科   类型:普通   作者:ningxueqin   查看:111   回复:0   获赞:0   时间:2023-11-21 22:51:41
 生物药cdmo聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点。
  PCR反应前准备工作:
  PCR反应开始前,你需要准备好DNA模板(基因组DNA或者反转录制备的cDNA),特异性的引物(手动设计或利用软件设计)并选择合适的商业化DNA聚合酶(根据实验的目的不同做出决定)。
  1. DNA聚合酶的选择
  市面上有多种DNA聚合酶可供选择,他们的特性也各有不同。因此你需要选择最适合自己实验需要的产品。通常我们将DNA聚合酶分为高保真性聚合酶和普通的Taq聚合酶。如果你希望得到没有任何突变的PCR产物,那应当选择高保真聚合酶。若你只是希望判断特异性序列的存在与否,那普通的Taq聚合酶已经足够。另外要注意的一点是,进行T载体连接的时候,要了解高保真的聚合酶所得的产物是没有A末端的,因此你在T载体连接之前需要进行加A反应。或者直接选用普通的Taq聚合酶。
  2. 引物
  引物特异性会影响到PCR反应成功的可能性,好的引物设计对PCR成功至关重要。设计引物时,有以下几条原则需要谨慎考虑:
  1). 引物长度
  通常PCR引物长度在18-22个碱基之间。这对引物的特异性以及退火温度而言均已足够。
  2). 解链温度Tm
  Tm值的定义是使得一半双链DNA解螺旋成为单链DNA的温度。引物的Tm值通常要在52-58度之间。
  3). GC含量
  最适合的GC含量为40-60%。
  就目前而言很多软件都可以用来设计引物,如primer5和Oligo。通常这些软件设计得到的引物均可以满足需要。
  二、操作步骤:
  准备好各种试剂和PCR仪,就可以开始PCR实验:将各种试剂混合并按照说明书设置PCR反应。一般PCR循环如下:
  1. 起始步骤:
  这对于热启动PCR而言是必须的,将反应混合液加热至94-98度以激活DNA聚合酶。这一步的时间取决于所选用的DNA聚合酶。
  2. 变性步骤:
  DNA本身是双链结构,而DNA扩增需要引物与单链DNA模板相结合。在这一步,反应混合液被加热至94-98度保持20-30秒以破坏双链间的氢键以便释放出单链DNA。这是PCR循环中的第一步。
  3. 退火步骤:
  变性之后,DNA模板以单链的形式在反应混合液中存在。因为反应体系中的引物与DNA模板互补,当反应温度降至50-65度时,引物与互补的序列形成氢键。退火温度主要取决于引物的Tm值,通常比引物Tm值低3-5度。这一步通常维持20-40秒,而聚合酶会结合至引物-模板双链处开始DNA合成。
  4. 延伸步骤:
  在这一步,DNA聚合酶开始DNA合成,因此这一步的温度选取的是DNA聚合酶的最优温度。通常我们选用72度,但某些DNA聚合酶的最适温度是68度。这一步与体内的DNA复制很相似:DNA聚合酶按照碱基互补规律将dNTPs加到引物的3’末端最终得到新的DNA双链片段。延伸时间取决于目的DNA片段的长度和DNA聚合酶的合成能力。一般而言DNA聚合酶每60秒能够合成1kb长度的DNA。
  5. 第2步至第4步称为一个循环:
  每次循环之后DNA的量均是前一次的两倍。通常一次PCR反应进行30-35个循环。在前几轮的PCR循环过程中PCR产物的量以指数速率增长,但是到了反应后期随着dNTPs和引物的量的减少以及DNA聚合酶的失活,反应速率逐渐下降,因此PCR反应的产量也受到了限制。
  6. 最后的延伸步骤:
  当30-35个循环结束后,我们通常会以68-74度延伸5-10分钟,这是希望使反应体系中残留的单链DNA全部反应完毕。
  7. 维持时间:通常我们设置4-10度为反应后PCR产物的保存温度。

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