m6A或其他修饰MeRIP测序之后经常会需要通过一种“可视化”方法,直观考察以及展示到文章中个别基因或区域的测序原始信号(coverage)和序列比对情况,即展示甲基化峰。类似的可视化展示也常常应用在一些其他的需要分析信号峰的测序中,如MeDIP-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等。今天测序数据分析为大家逐步详细介绍用IGV软件进行甲基化峰可视化的操作方法,其中也囊括了一些常见问题的解答 。
FAQ
Q1: 测序结果中的位点位置在可视化中全部看不到峰?——注意基因组版本选择正确(见3.加载基因组)
Q2: 测序结果中差异位点在IGV中趋势相反、不明显?——注意纵轴scale调整统一(见6.调整图像)
Q3: 样品导入不进去?——注意bam文件与bai文件同名、zoom in 放大看结果(见5.导入样品比对文件)
Q4: 加载基因组报错?——(见3.加载基因组)
Q5: 如何看甲基化峰位在转录本什么区域?文献中peak下方基因转录本示意图是怎么做的?IGV中最下方蓝色转录本,矩形线形箭头都代表了什么,怎么看?——(见4.加载注释文件)
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