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生物标志物探索的无价之宝——新一代测序
版块:电子商务   类型:普通   作者:wjunxi   查看:428   回复:0   获赞:0   时间:2022-03-28 16:52:35
基因组学已经改变了生物医学的各个领域,但DNA测序对任何领域的影响似乎都不及癌症研究这般深远。科学家们聚焦肿瘤,以确定看似相同的癌症之间那些细微和不那么细微的差异,深入了解到底是什么引起了癌症,以及它们如何响应不同的治疗手段。Romain Biodot博士作为Georges François Leclerc中心(CGFL)的实验室主任,二代测序        已成为数百名科学家和临床研究人员的测序资源。

  Romain Boidot博士——法国Georges François Leclerc中心(CGFL)的实验室主任

  自2012年以来,Boidot博士和CGFL在癌症研究中一直依赖Illumina新一代测序(NGS)系统。从MiSeq系统开始,他们陆续开展了转录组测序(RNA-Seq)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq),并利用基因集合来鉴定实体瘤。2015年1月,又增加了NextSeq 500系统,以便获得更高的数据通量和开展更深度的测序。他们现有的项目之一是通过对乳腺癌基因表达的生物标志物进行分类,来有效描述实体瘤,希望可以影响到乳腺癌的治疗和预后。

  Illumina的iCommunity团队最近与Boidot博士对话,深入了解了CGFL开展的癌症研究项目,以及如何利用MiSeq和NextSeq 500系统开展RNA-Seq、ChIP-Seq和外显子组测序,从而使其研究人员能够发现癌症生物标志物。

  Q:CGFL正在开展哪些类型的基因标志物研究?

  Romain Boidot(RB):我们不但研究癌细胞,也研究免疫细胞特异的基因。我们利用RNA-Seq来检测哪种类型的免疫细胞或T淋巴细胞亚型浸润了肿瘤。RNA-Seq的好处在于我们能研究肿瘤细胞,以及形成肿瘤微环境的细胞。我们正准备开始一个新项目,来鉴定免疫治疗反应的特定标志物,这个项目包含30-40名癌症对象。

  Q:您最初是如何将NGS整合到您的实验室研究中的?

  RB:作为法国第一批购入MiSeq系统的机构,我们想利用癌症基因集合来研究样本。我们需要时间来熟悉这个系统,了解工作流程,并确定哪种文库制备技术能更好地支持这项研究。在开展了6个月的DNA测序之后,我们决定试试RNA-Seq。2013年初,我们开始在MiSeq系统上开展RNA-Seq。

  Q:您曾在MiSeq系统上开展哪些类型的测序项目?

  RB:最初,我们利用MiSeq系统进行一些常规工作,通过含有BRCA和同源重组基因的癌基因集合来研究乳腺癌和卵巢癌的易感性。

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