选择测序方法的标准很多，取决于研究人员及其项目的性质。测序方法正在研究的生物学问题是关键。Pacific Biosciences 副总裁 Jonas Korlach 说：“研究的背景决定了使用哪种类型的测序，分子诊断因为不同的测序方法具有不同的特征来推动选择。”

　　常见的标准包括测序时间、通量、成本和准确度——所有这些往往会相互影响。“准确性、成本和数据吞吐量之间的动态一直是测序技术选择的驱动因素，在不牺牲准确度的情况下，成本和通量的提高推动了 DNA 测序对广泛的应用。”

　　测序实验室成本主要包括购买仪器费用、实验室试剂耗材费用、样本数量、计划外包测序及测序前的准备步骤。还有另一个值得考虑的因素是要测序的目标的大小，这会也影响测序时间和成本。

　　测序过程中产生的读取长度也可能会影响决策，因为其中一些些应用需要较长的读取长度。比如：NGS 产生MIN读长(约 50-500 bp)，其次是 Sanger 测序(约 500-1000 bp)，然后是长读长测序(约 5-30 kb)。

　　Sanger 测序是一项久经考验的技术，对于少量样本来说简单快速，能够解析单个碱基对。它在掺入放射性标记的核苷酸类似物后通过链终止起作用。然后通过琼脂糖凝胶电泳分离得到的 DNA 片段以进行鉴定。Sanger 方法对包含重复和二级结构的复杂 DNA 区域很有帮助，并且通常被用作验证 NGS 检测到的遗传变异的正交方法。